Sanger vs NGS. ¿Cuál es el gold standard en el diagnóstico genético?

En 1977, Frederick Sanger desarrolló el método de secuenciación de ADN conocido como método de Sanger. Este método permite conocer la secuencia de nucléotidos de ADN mediante la polimerización del ADN y el uso de dideoxinucleótidos que sirven como terminadores de la reacción.  En la actualidad, esta reacción se basa en una modificación de la PCR con dideoxinucleótidos marcados con fluoróforos y se resuelve mediante una electroforesis capilar. Este tipo de secuenciación presenta la ventaja de ser muy precisa, siendo aún la técnica más validada en el diagnóstico genético. Pero esta técnica tiene la limitación de solo poder realizar 96 o 384 reacciones en paralelo y secuenciar entre 500 a 1000 pares de bases por reacción. Además, para utilizar secuenciación de Sanger en el área clínica, se requiere pasos de pre-amplificación de la secuencia que se requiere estudiar, estrategia que requiere  de tiempo y de personal capacitado. Estas limitaciones hacen que SANGER solo pueda ser utilizada para estudiar pequeñas secuencias de ADN y que el precio por base secuenciada sea elevado. A pesar de esto, es una herramienta muy valorada y se utiliza ampliamente para corroborar variantes genéticas detectadas por paneles genéticos, detectar variantes genéticas familiares previamente diagnosticadas por otras técnicas, estudiar genomas de tamaño pequeño, entre otras aplicaciones.

Por otro lado, la secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing, NGS) es un grupo de tecnologías diseñadas para secuenciar gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo. Esta tecnología permite en muy poco tiempo tener información sobre miles de genes en una sola reacción y el costo de secuenciación por base es mucho menor que en el caso de secuenciación de Sanger. Estas tecnologías han permitido grandes avances dentro de la medicina, ya que mediante la aplicación de ellas se ha logrado estudiar enfermedades multigenéticas e inclusive se ha podido avanzar a pasos agigantados en determinar las causas genéticas de numerosas enfermedades de origen desconocido. Actualmente, gracias a la aplicación de NGS, se encuentran disponibles numerosos paneles genéticos, que permiten estudiar la secuencia de todos los genes asociados a un cuadro clínico específico como es el caso de las encefalopatías epilépticas, cardiomiopatías, síndromes nefróticos, cáncer hereditario, síndromes raros, entre otros. Además estas tecnologías han permitido la secuenciación del exoma humano completo e incluso el genoma humano completo. Finalmente, es importante mencionar que NGS también permite estudiar a modo de screening variantes en el número de copias de los genes, información fundamental para poder resolver casos clínicos con paneles genéticos negativos.

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