Variantes de preocupación y variantes de interés de SARS-CoV-2 (COVID 19)

Importancia de determinar variantes de SARS-CoV-2: RT-PCR como metodología de tamizaje.

Dra. Silvia Ferrer

La aparición de mutaciones en los virus es un evento natural y esperado dentro de su proceso de evolución. Algunas de esas mutaciones específicas que ocurren, definen los grupos genéticos virales o linajes que actualmente están circulando a nivel mundial. Debido a diversos procesos de microevolución y presiones de selección, pueden aparecer algunas mutaciones adicionales, generando diferencias dentro de cada grupo genético (llamadas variantes), algunas de las cuales pueden favorecer la capacidad del virus para propagarse, cambiar las manifestaciones clínicas, o incluso afectar la eficacia de las vacunas, los medicamentos antivirales o también las herramientas de diagnóstico. A finales del año 2020, emergieron algunas variantes del virus COVID 19 que podrían plantear un mayor riesgo para la salud pública mundial. A comienzos de este año, la Organización Mundial de la Salud (OMS) proporcionó definiciones operativas para las variantes de interés (VOI, del inglés Variant of Interest) y las variantes de preocupación (VOC, del inglés Variant of Concern) de SARS-CoV-2. A algunas variantes se les asignaron nombres de acuerdo a sus patrones genómicos, filogenéticos y a su lugar de aparición, pero para evitar el estigma hacia países o lugares específicos donde surgen nuevas variantes, la OMS ha asignado denominaciones simples, fáciles de mencionar y recordar para hacer referencia a las VOC y VOI de SARS-CoV-2, utilizando letras del alfabeto griego. Actualmente la OMS reconoce cuatro Variantes de preocupación: Alfa, Beta, Gamma y Delta.  Debido al impacto potencial en la vigilancia de la salud pública, la OMS alienta a los laboratorios a secuenciar oportunamente las muestras positivas de COVID-19, ya que la determinación y confirmación del linaje de una variante circulante de SARS-CoV-2 sólo es posible mediante el análisis filogenético de los datos de secuenciación genómica completa del virus. Sin embargo, la detección inicial de una VOC o un VOI puede ser también por RT-PCR de tamizaje, y se basa en análisis de laboratorio relativamente simples. La implementación de diferentes protocolos de RT-PCR en tiempo real para la detección rápida y la identificación preliminar de VOC y VOI se dirigen a una mutación específica de estas variantes, pero una mutación puntual por sí sola no es suficiente para clasificar el virus como uno de los VOC o VOI reconocidos.

Por lo tanto, incluso si se detecta e identifica previamente mediante RT-PCR en tiempo real o secuenciación de un fragmento/región del genoma, se requiere secuenciación genómica completa adicional de la variante SARS-CoV-2 para confirmar la VOC siendo esta última la metodología estándar validada para identificar y clasificar una VOC o VOI.

El tamizaje de variantes de interés y de preocupación de SARS-COV-2 por RT-PCR es entonces una herramienta de Vigilancia epidemiológica muy útil debido a su bajo costo y sus tiempos de ejecución cortos. No es una herramienta confirmatoria, pero si se vuelve útil al permitir detectar posibles casos y poder tomar las medidas epidemiológicas pertinentes de forma oportuna.

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